「クリアデータ引き継ぎ」
「NEWGAME」選択の際、クリア時の状態を一部（以下参照）引き継いで最初からプレイ可能。
また、下記の状態を引き継がないで、クリア状況のみ引き継ぐ事も可能。
「引き継ぎ内容」
- レベルやスキルなどメインペルソナの状態（変異していた場合、変異したまま）全て。
- 所持金に加え、装備と所持しているアイテム（キーアイテムは一部のみ引き継ぐ）。
- 「てづくりこ～ぼ～」に預けたアイテムと、購入可能な装備・アイテムなどの状況。
- 各迷宮で描いた地図全て（「抜け道」はもう一度通る必要がある）。
- 「ペルソナ全書」の登録率と、登録したサブペルソナの状態。
- 「テキぺディア」と、「コンフィング」の変更内容。
- プレイ時間（リセットされずにそのまま）。
- 「すれいちがい手帳」のプレイヤーデータ。
「エンディング後」
エンディング後でも、クリアデータをロードすることで、クリア時の状態のまま途中からプレイ可能。
下記の追加要素にすぐに挑むことができる。
「追加要素」
- 「てづくりこ～ぼ～」に「初期装備」が追加。
- 「保健室」で新たな依頼「刈り取る者を撃破せよ」「フィナーレのお時間です」が追加。
「両ルート（P3主人公・P4主人公）クリア後」
２人の主人公をクリアしたデータをロードすると、依頼「最強なる者を倒せ」が追加される。
