アーケードモードでは、各ステージの対戦相手があらかじめ決まっているので、フィールド状況と合わせて攻略したい。
メインメニュー画面でR2またはL2を押すと、戦闘中のBGMなど様々な音楽を聴くことができる。
テムジンの特殊攻撃。 LW・CW・RWのゲージが100％の時に、空中（ジャンプボタン）で前進＋CWと入力することで発動可能。 追尾能力は無く、正面へ直進するので扱いづらい。
バイパーⅡの特殊攻撃。 LW・CW・RWのゲージが100％の時に、空中（ジャンプボタン）で前進＋CWと入力することで発動可能。 追尾能力があり、発動中は無敵になるので扱いやすい。
ドルカスの特殊攻撃。 LW・CW・RWのゲージが100％の時に、右へ旋回しながらCWを入力することで発動可能。 その地点でハンマーを振り回すが、射程距離が短いので注意。
フェイ・イェンの特殊形態。 ダメージが50％を越えると自動的に発動する。攻撃力や機動力が向上するが、通常形態へ戻ることはできない。
ARCADEでエンディングのスタッフロール中、左スティックを上下左右に合計100回以上入力する。 すると、プレイヤーが使用していたVR機体を救助艇が救出に来るシーンが追加される。
| トロフィー | 名称 | 内容 | 備考 |
| ブロンズ | M.S.B.SYSTEM ver.3.3 | ARCADEでバーチャロイドを決定。 | - |
| ブロンズ | IN THE BLUE SKY | ARCADEでステージ１をクリア。 | - |
| ブロンズ | SHE'S LOST CONTROL(S.L.C.) | ARCADEでステージ２をクリア。 | - |
| ブロンズ | EVERYTHING MERGES WITH THE NIGHT | ARCADEでステージ３をクリア。 | - |
| ブロンズ | HIGHER GROUND | ARCADEでステージ４をクリア。 | - |
| ブロンズ | RUINS | ARCADEでステージ５をクリア。 | - |
| ブロンズ | EARTH LIGHT | ARCADEでステージ６をクリア。 | - |
| シルバー | THE WIND IS BLOWING | ARCADEでステージ７をクリア。 | - |
| シルバー | FADE TO BLACK | ARCADEでステージ８をクリア。 | - |
| シルバー | ALICE IN THE WONDERLAND | ARCADEでヤガランデ出現。 | - |
| ゴールド | CRYSTAL DOOM | ARCADEでジグラット撃破。 | - |
| シルバー | OPERATION MOON GATE | ARCADEでエンディングのスタッフロール中、 左スティックを上下左右に合計100回以上入力する。 | - |
